Museum Negeri Propinsi Bali nerupakan nama yang telah disempurnakan oleh pemerintah, dimana pada awal berdirinya dikenal dengan nama Bali Museum. Sesuai dengan ketentuan dari pusat dalam hal ini Direktorat permuseuman, Direktorat Jenderal Kebudayaan, susunan Unit organisadi museum disesuaikan dengan susunan Unit organisasi museum gaya lama dengan sebutan koordinator untuk masing-masing pimpinan kelompok teknis. Menurut Surat Keputusan Kepala Museum Negeri Propinsi Bali Nomer : 173/I.1/1991 tanggal 17 Mei 1991, maka susunan Unit organisasi terdiri dari Kepala Museum dan Subbag Tata Usaha. Sesuai dengan susunan unit organisasi tersebut maka pengelolaan kegiatan meliputi Pengelolaan Tata Usaha, Pengelolaan Kegiatan Koleksi, Pengelolaan Konservasi dan preparasi, Pengelolaan Kegiatan Edukatif Kultural.